Tredive år efter at guderne lagde Tokyo i ruiner, begynder de overlevende at jage et tilsyneladende umuligt spørgsmål: Hvordan dræber man en gud?

Japan er blevet invaderet af guder, og efter dem følger kun død og ødelæggelse. Hele byer er nu forbudte farezoner, og Anti-Gud-forskeren Sachiyuki Tokinaga er fast besluttet på at finde en måde at standse guderne og redde menneskeheden. Da et tilfælde fører ham sammen med gymnasieeleven Waka Kamikura, kan det blive begyndelsen på noget, der ændrer verdens skæbne.

På jagt efter svar om sin vens forsvinden bryder Waka ind i Tokyos farezone. I stedet for spor finder hun Tokinaga, en forsker ved Anti-Gud-instituttet. Mens hun overvejer, om hun kan stole på ham, indser Tokinaga, at Waka skjuler en farlig hemmelighed – en der måske er nøglen til at dræbe guderne én gang for alle.