Klassen bliver splittet. Den ene halvdel vil fortsætte planen om at dræbe Koro Sensei, mens den anden vil redde ham.

Koro Sensei deler dem op i to hold, ledet af Nagisa og Karma, og lader dem kæmpe mod hinanden. Eleverne fra Class 3-E bruger alt, hvad de har lært, i kampen om deres lærers skæbne. For at gennemføre deres fælles mål må de senere infiltrere International Space Station.