Efter at have mistet deres dronning spreder Chimera Ants sig ud over deres hjemland for at etablere deres egne kolonier. Nogle angriber Meteor City, og gruppen af lejemordere kendt som the Spiders bliver kaldt hjem for at slå invasionen tilbage.

Samtidig opdager Gon og Killua i Republic of East Gorteau, at hele byers befolkninger forsvinder. De beslutter sig for at finde ud af, hvad der foregår, og forsøge at stoppe det. Men Gon indser hurtigt, at han bliver fulgt, og den, der følger efter ham, har ikke venlige hensigter.