Naruto er en ung shinobi med en ustyrlig trang til ballade. Han har en vild humor, men Naruto er helt alvorlig omkring sin mission om at blive verdens største ninja.

For tolv år siden blev landsbyen Hidden in the Leaves angrebet af en frygtindgydende trussel. Rævedæmonen Nine Tails kostede landsbyens leder, Hokagen, livet sammen med mange andre.

I dag hersker der fred i landsbyen, og en ballademager ved navn Naruto kæmper for at bestå Ninja Academy. Hans mål er at blive den næste Hokage, men hans sande skæbne bliver langt mere kompliceret. Eventyret begynder nu.