Kabutos kontrol over sin hær af genopstandne krigere strammes, da han mærker, at de stærkeste medlemmer af hans udødelige hær begynder at undslippe hans greb. Blandt dem er Nagato, også kendt som Pain.

Sasukes bror Itachi kan være den bedste chance for at bryde Kabutos kontrol. Men han er stadig ikke helt herre over sine egne handlinger. Det kan betyde, at Naruto bliver nødt til at stoppe ham én gang for alle.