Atom er tilbage, og jordens skæbne ligger i hans hænder! Nu hvor Atom har alle svarene på de uløste mysterier omkring Pluto, Bora og mere til, er han parat til at sætte alt på spil. Med mindet om sine faldne brødre, Gesicht, Mont Blanc, North No. 2, Brando, Hercules og Epsilon, dybt indgraveret i sit hjerte er Atom på vej mod én sidste kamp for at redde verden!