Animal Liberation Alliance, en økoterroristisk organisation, redder en drægtig chimpanse fra et dyreforsøgslaboratorium. Kort efter føder den en halvt menneskelig, halvt chimpanselignende skabning, en såkaldt humanzee, ved navn Charlie.

Femten år senere er Charlies menneskelige plejeforældre endelig klar til at sende ham på en almindelig high school, hvor han får sin første ven, en menneskepige ved navn Lucy. I mellemtiden er ALA blevet stadig mere ekstrem, og nu er de kommet for at trække Charlie ind i deres terrorplaner.

Vinder af den prestigefyldte Manga Taisho samt en Excellence Award ved Japan Media Arts Festival. The Darwin Incident er lige så actionfyldt, som den er samfundsrelevant.