Commission of Counter Ghoul er den eneste organisation, der kæmper mod Ghoul-truslen, og de vil bruge ethvert redskab, de har til rådighed, for at beskytte menneskeheden mod dens ultimative rovdyr. Deres nyeste våben i denne skjulte krig er en eksperimentel procedure, der implanterer menneskelige efterforskere med en Ghouls Kagune og giver dem Ghoul-kræfter og evner. Men både proceduren og den nyoprettede Qs Squad er uprøvede. Vil de blive helte... eller monstre?!

Haise Sasaki har fået til opgave at lære Qs Squad, hvordan de bliver fremragende efterforskere, men hans opgave kompliceres af hans elevers besværlige personligheder og hans egen usikre kontrol over sine Ghoul-kræfter. Kan han samle dem som et hold, eller bliver Qs Squads første opgave også deres sidste?